Dr. Marius Geantă propune supravegherea sistematică a virusului SARS-CoV-2 prin secvenţiere genomică. Document

Secveţierea genomică a SARS-CoV-2 permite identificarea tulpinilor nou apărute

Pe lângă vaccinare, pentru controlul pandemiei trebuie utilizate sisteme avansate de supraveghere a circulaţiei virusului şi de identificare în timp real a modificărilor acestuia, prin secvenţiere genomică pe scară largă, atrage atenţia specialistul. El susţine înfiinţarea Centrului Naţional de Date şi Analiză Genomică pentru Sănătatea Publică.

Genomul coronavirusului SARS-CoV-2 a fost secvenţiat într-o lună de la raportarea primului caz de boală COVID-19 1, se arată în documentul prin care se propune înfiinţarea acestui centru. 

Comunitatea ştiinţifică internaţională răspuns cu o viteză fără precedent în cazul urgenţei de sănătate publică reprezentată de noua tulpină de coronavirus. Acest răspuns a fost posibil datorită tehnologiilor de secvenţiere masivă paralelă, instrumentelor digitale, căilor de comunicare a datelor aproape în timp real, dar şi deschiderii către colaborare şi împărtăşire a datelor. 

SARS-CoV-2 face parte din categoria virusurilor ARN, care au o tendinţă de a acumula erori pe măsură ce se replică. SARS-CoV-2 acumulează în medie 2 mutaţii pe lună. Nu toate variantele virale care au apărut în cursul anului 2020 au avut o semnificaţie biologică, însă pe măsură ce virusul evoluează şi determină infecţii răspândite la nivel mondial pot apărea mutaţii cu un impact epidemiologic. Există în prezent 3 variante virale care sunt în atenţia autorităţilor internaţionale: B.1.1.7 (Marea Britanie), B.1.351 (Africa de Sud) şi P1 (Brazilia) - care pun probleme din punctul de vedere al controlului pandemiei, ca urmare a transmisibilităţii crescute şi a interferenţei cu răspunsul imun obţinut după administrarea vaccinurilor.

De ce este nevoie de secvenţiere genomică pe scară largă

După aproximativ 10 luni în care virusul a evoluat fără a acumula mutaţii semnificative (care ar putea sugera o schimbare de fenotip şi ar putea avea impact epidemiologic), se observă o schimbare a tiparului evolutiv. Proteina spike, şi mai ales domeniul de legare de receptor (RBD), reprezintă o regiune esenţială pentru evoluţia virală şi cu impact asupra răspunsului imun. 

Până în octombrie 2020 s-a observat un număr mic de modificări la nivelul genomului viral, în regiunile care codifică aceste structuri. Totuşi, cele 3 variante menţionate anterior au acumulat mai multe mutaţii, într-un timp scurt, comparativ cu alte virusuri. Apariţia a 3 noi variante care au caracteristici similare sugerează posibilitatea unei evoluţii convergente. Virusurile se adaptează la populaţia umană, în moduri asemănătoare, în diferite părţi ale lumii. Există posibilitatea de apariţie a unor variante care vor scădea semnificativ eficacitatea vaccinurilor autorizate, dacă nu se introduc măsuri de sănătate publică pentru reducerea transmiterii infecţiei 2 . 

În acest context, pentru controlul pandemiei trebuie utilizate sisteme avansate de supraveghere a circulaţiei virusului şi de identificare în timp real a modificărilor acestuia, prin secvenţiere genomică pe scară largă. 

Analizarea genomului SARS-CoV-2 permite obţinerea unei imagini de rezoluţie înaltă, cu multiple aplicaţii, de la dezvoltarea de teste de diagnostic şi vaccinuri, şi până la informarea în timp real, asupra măsurilor de sănătate publică. La nivel european, ECDC consideră că riscul de transmitere a noilor variante SARS-CoV-2 este înalt/foarte înalt, iar Comisia Europeană recomandă ca Statele Membre să ajungă la o capacitate de secvenţiere de cel puţin 5% dintre probele pozitive Covid-19. La începutul anului 2021, un singur Stat Membru UE testa mai mult de 1% dintre probele pozitive, în timp ce alte state nu secvenţiau suficient sau nu secvenţiau deloc. În acest moment, modelul de bune practici în Uniunea Europeană este Danemarca (secvenţiază toate cazurile pozitive), iar pe plan mondial este Marea Britanie (deţine jumătate dintre genomurile secvenţiate, la nivel mondial). 

Ce presupune acest lucru

Obiective ale secvenţierii genomului SARS-Cov-2 din perspectiva optimizării strategiilor de sănătate publică, conform OMS presupune: 

Identificarea şi caracterizarea SARS-CoV-2 şi dezvoltarea de măsuri de combatere a răspândirii infecţiei

Monitorizarea transmiterii şi răspândirii răspândirii geografice

Studierea răspândirii geografice şi a reintroducerii între populaţii

Evaluarea dovezilor asupra căilor de transmitere sau clustere

Cuantificarea perioadelor de transmitere şi urmărirea parametrilor epidemiologici în timp – R0

Monitorizarea mediului înconjurător

Evaluarea posibilelor cazuri de reinfecţie

Monitorizarea evoluţiei SARS-CoV-2

Evaluarea structurată a posibilelor mutaţii relevante. Prin secvenţiere genomică se pot identifica modificări genetice care pot determina schimbări de fenotip (transmisibilitate, virulenţă)

Monitorizarea impactului evoluţiei SARS-CoV-2 asupra măsurilor pentru combaterea pandemiei (eficacitatea vaccinurilor, acurateţea testelor moleculare, eficacitatea terapiilor antivirale)

Monitorizarea evoluţiei SARS-CoV-2 la animale 

Citeşte întregul document aici.