În preajma anului 1260, Ştefan (István) al V-lea, ducele Transilvaniei şi moştenitorul tronului Ungariei, a adus la Cluj un grup de colonişti germani (hospites), pe care i-a aşezat în zona care poartă, astăzi, numele de „Cetatea Veche” (Ovár). Coloniştii germani au fost înzestraţi cu libertăţi şi privilegii care urmăreau să refacă cetatea distrusă de marea invazie tătară din 1241-1242 şi să transforme Clujul într-o aşezare urbană importantă. Printre acestea, şi dreptul de a împrejmui localitatea cu ziduri şi turnuri de apărare, ale căror fragmente se păstrează în curţile de pe str. Regele Ferdinand, Sextil Puşcariu şi Virgil Fulicea, sau în curtea Colegiului Naţional „George Bariţiu”. Turnul din colţul sud-estic al „Cetăţii Vechi” a supravieţuit şi el, parţial, până astăzi, fiind încorporat în secolul al XVIII-lea în clădirea închisorii de atunci a oraşului (astăzi Muzeul de Speologie). Accesul în „Cetatea Veche” se făcea prin două porţi, una fiind situată la mijlocul actualei străzi Matei Corvin (acolo unde aceasta se îngustează, lângă restaurantul cu acelaşi nume) iar cealaltă („Poarta Apei”) pe latura nordică a zidului de incintă, înspre Canalul Morii. Întreagă această incintă fortificată avea suprafaţa de 7 ha, piaţa centrală a vechiului oraş fiind actuala Piaţă a Muzeului.

Privilegiile primite de coloniştii germani au fost însă pierdute în 1275, moment în care Clujul a fost luat, în mod abuziv, în stăpânirea episcopiei Transilvaniei. Cum s-au întâmplat lucrurile?

În 1272, la moartea neaşteptată a regelui Ştefan al V-lea, regatul Ungariei a fost cuprins de un îndelungat război civil (1272-1282), rămas în istorie sub denumirea de „vremea tulburărilor”. Partidele aristocratice din Ungaria se confruntau între ele pentru a obţine controlul asupra puterii politice, săvârşind numeroase crime, deposedări şi abuzuri. În 1274-1277, puterea a fost cucerită de Matei (Máté) Csák, voievodul Transilvaniei, împreună cu rudele şi apropiaţii acestuia, printre care se număra şi episcopul Transilvaniei, Petru Monoszló (1270-1307). În 1275, episcopul Transilvaniei s-a prezentat în faţa demnitarilor curţii regale (care erau, cu toţii, apropiaţii şi complicii săi), pretinzând că fostul rege Ştefan, în ultimele clipe ale vieţii sale, i-ar fi acordat verbal, pentru mântuirea sufletului său, stăpânirea asupra oraşului Cluj. După foarte puţin timp, regele ar fi încetat din viaţă, fără să mai reuşească însă să consemneze în scris această donaţie. În mod evident, episcopul nu a putut aduce nici măcar un martor în sprijinul afirmaţiei sale. Merită, de asemenea, să amintim aici şi faptul că, înainte de a deveni episcop, Petru Monoszló fusese chiar şeful cancelariei regelui Ştefan (1266-1270). Prin urmare, dacă regele Ştefan i-ar fi făcut, cu adevărat, o asemenea donaţie verbală în 1272, Petru ar fi avut toate cunoştinţele şi mijloacele pentru a o consemna imediat în scris şi a o sigila cu pecetea regală.

În mod evident, această pretinsă donaţie a regelui Ştefan nu a fost făcută niciodată, iar actul din 1275 nu a fost decât o mistificare, realizată într-un context politic favorabil. Devenit posesiune episcopală, Clujul nu mai putea aspira la recunoaşterea statutului urban, acesta fiind rezervat localităţii de reşedinţă a episcopiei, Alba Iulia. Ca urmare, într-un mod destul de curios, în intervalul 1275-1316, Clujul este numit în documente villa Clusvar („vár” însemnând în limba maghiară „oraş” sau „cetate”, iar villa, în latină, având, în general, în documentele transilvănene, semnificaţia de „sat”).

Acest abuz al episcopiei a fost primit cu ostilitate de comunitatea germană a oraşului. Locuitorii Clujului au reacţionat imediat, asociindu-se, în 1277, la marea răscoală a saşilor transilvăneni împotriva Csákilor şi a bisericii catolice a Transilvaniei. Au urmat alte patru decenii de rezistenţă îndârjită, în condiţiile în care abuzurile episcopiei erau mereu mai numeroase. În 1282, episcopul Petru a obţinut, din partea regelui Ladislau, scoaterea Clujului şi a celorlalte domenii episcopale de sub dreptul de judecată al autorităţilor laice ale Transilvaniei şi supunerea lor, în exclusivitate, judecăţii episcopale. În aceeaşi perioadă, episcopul a adus la Cluj locuitori care îi erau credincioşi, şi care vor intra, mai târziu, într-un îndelungat conflict cu germanii din localitate, care erau ostili episcopului. În 1307, Clujul a intrat, împreună cu celelalte domenii şi cetăţi episcopale, în stăpânirea puternicului voievod al Transilvaniei, Ladislau Kán. La 20 iulie 1313, regele Carol Robert reacorda însă „satul Cluj” (villa Kuluswar) episcopiei de Alba-Iulia, condusă acum de episcopul dominican Benedict. 

Eliberarea Clujului de sub stăpânirea episcopiei a avut loc în 1316, anul izbucnirii războiul civil dintre regele Carol Robert de Anjou şi nobilimea din Transilvania, susţinătoare a autonomiei acestei ţări sub conducerea fiilor fostului voievod Ladislau Kán. Motivele pentru care regele a răspuns cererilor clujenilor par să fi fost în primul rând strategice. Pentru a-şi deschide calea către centrul Transilvaniei, Carol Robert a transformat o arteră comercială pe atunci puţin importantă, cea de pe valea Crişului Repede, într-un adevărat drum strategic, protejat de cetatea regală de la Bologa, ridicată şi ea în această perioadă. Acest drum pătrundea în Transilvania până la Cluj, localitate pe care Carol Robert a transformat-o în cea mai importantă bază de operaţiuni a armatelor regale care luptau împotriva nobilimii rebele. Pentru a obţine sprijinul clujenilor, Carol Robert le-a acordat acestora, prin diploma regală din 19 august 1316, la cererea conducătorilor oraşului, comitele Tark şi parohul Benedict, libertăţile la care aceştia aspirau. Clujul a dobândit statutul de „oraş regal” (civitas regia), devenind astfel cel dintâi oraş de pe teritoriul României de astăzi, potrivit dreptului urban european.

Diploma regală din 19 August 1316 reprezintă un adevărat act de  naştere a oraşului medieval Cluj. Prin acest document, cetăţenilor localităţii le erau acordate drepturi care, în forma respectivă, nu mai fuseseră acordate până atunci nici unui alt oraş transilvănean. Clujenii au obţinut dreptul de a-şi alege ei înşişi judele şi parohul, de a judeca o mare parte a infracţiunilor săvârşite pe teritoriul oraşului, cu excepţia omorurilor, furturilor, tâlhăriilor, incendierilor şi rănirilor, asupra cărora urmau să se pronunţe, împreună, judele oraşului şi judele regal, amenzile urmând să fie împărţite între rege (2/3) şi oraş (1/3); de a circula liber şi de a face comerţ în toată Transilvania, fără a plăti vamă pentru mărfurile lor. Autoritatea voievodului Transilvaniei asupra Clujului era, prin acest document, complet înlăturată, iar aceea a episcopului de Alba-Iulia era limitată la chestiunile ecleziastice. Clujenii aveau obligaţia de a plăti regelui un impozit anual, la sărbătoarea Sfântului Martin, şi de a trimite pentru oastea regală câte un ostaş bine echipat şi înarmat la fiecare 60 de gospodării. Acest privilegiu a schimbat pentru totdeauna destinul Clujului, reprezentând începutul unei ascensiuni continue şi durabile. În 19 august 1316, clujenii şi-au cucerit libertatea, înscriind istoria acestui oraş pe o traiectorie cu adevărat europeană.