Avertismentul unui medic infecţionist: Varianta Omicron are 50 de mutaţii şi se răspândeşte cu rapiditate

Doctorul Cristian Apetrei, profesor de Boli Infecţioase şi Microbiologie şi membru în Centrul pentru Cercetarea Vaccinului şi în Programul Postuniversitar în Microbiologie şi Imunologie de la Universitatea din Pittsburgh, SUA, prezintă într-o postare pe Facebook tulpina Omicron, noua variantă a COVID-19 care se răspândeşte cu rapiditate.

Prezentarea specialistului a fost distribuită şi pe pagina de Facebook a  Comitetului Naţional de coordonare a activităţilor privind vaccinarea împotriva COVID-19 - Ro Vaccinare.

„În orice caz, avem o nouă variantă. Nasoală. Cu atât mai nasoală cu cât nivelurile de competenţă ale respondenţilor sunt cele pe care le cunoaştem”, transmite Cristian Apetrei în postare. 

Acesta susţine că varianta Omicron a apărut în luna octombrie în Republica Sud-Africană. 

„Cel mai probabil, ca urmare a infectării unui pacient sever imunodeprimat (probabil HIV netratat-infecţia cu HIV are o prevalenţă mai mare de 30% în populaţia Africii de Sud), care a produs răspunsuri imune suboptimale. Care răspunsuri au obligat virusul să evolueze ca să le eludeze, dar pe de altă parte nu au fost capabile să-l elimine. Şi în acest mod s-a produs o infecţie persistentă SARS-CoV-2″, explică specialistul. 

„Ce a ieşit? Asta a ieşit. O variantă care are în total 50 de mutaţii, mai mult de 30 dintre acestea în structura proteinei spike şi 10 in RBD (receptor binding domain), structura care se leagă la receptori şi faţă de care sunt dirijaţi anticorpii neutralizanţi, inclusiv cei din vaccin.” - Cristian Apetrei, profesor de Boli Infecţioase şi Microbiologie

Veştile rele

• Varianta omicron se raspândeşte cu rapiditate. Într-un grafic al răspândirii iniţiale a variantelor virale, bate tot ce mişcă. Vedeţi graficul.
• Sunt până în prezent identificate cazuri în Africa de Sud, Lesotho, Botswana, Zimbabwe, Mozambic, Namibia şi Eswatini, Hong Kong şi Belgia. Poate or mai fi, dar n-am mai urmărit de vreo câteva ore.
• Mutaţiile numeroase în RBD (şi NTD) asociază rezistentă la anticorpii neutralizanţi (inclusiv anticorpii monoclonali utilizaţi în terapie).
• Clusterul de mutaţii din vecinatatea situsului de clivare al furinei (H655Y+N679K+P681H) creşte eficienţa intrării virusului în celula şi deci transmisibilitatea virusului.
• Deleţia nsp106 (△105-107) care nu e nouă pentru omicron, poate genera antagonizarea interfenonilor, adică rezistenţa la imunitatea înnăscută, putând astfel mari transmisibilitatea.
• R203K+G204R sunt mutaţii care survin în afara domeniului spike, în nucleocapsida (erau în variantele Alfa, Gamma şi Lambda) şi sunt asociate cu infectivitate crescută.
• În Hong Kong, cei doi pacienţi testaţi aveau încărcături virale extrem de ridicate (pozitivare la 17-18 cicluri de realtime), ceea ce sugerează o producţie foarte mare de virus. Poate conduce atât la boala gravă, cât şi la transmisibilitate crescută.
• Pacienţii din Hong Kong erau în camere diferite, iar virusul a fost găsit răspândit larg în cele doua camere - ceea ce înseamnă că virusul este transmisibil prin aerosoli. Se transmite cu foarte mare uşurinţă (iar încărcăturile virale mari nu ne ajuta deloc).

Veştile bune

• deleţia △69-70 în gena S permite identificarea foarte uşoară a variantei omicron-deci trasabilitatea ei imediată.
• majoritatea regiunilor din genele N şi RdRp, care sunt folosite pentru diagnostic prin testele de realtime PCR sunt conservate. Ceea ce înseamnă că testele vor funcţiona pentru monitorizarea pacienţilor infectaţi cu varianta omicron.
• la fel, regiunile din structura nucleocapsidei recnoscute de testele rapide antigen nu sunt substanţial modificate şi vor putea fi recunoscute. Deci testele funcţionează încă.
• Unul din experţii în biologie structurală a coronavirusurilor a sugerat că mutaţiile combinate P681H şi N679K sunt extrem de rare tocmai pentru că nu sunt stabile. A menţionat însă că nu se ştie cum sunt afectate aceste mutaţii de restul mutaţiilor din structura omicron. 

Ce nu ştim?

• în ce măsură virusul are capacitate de a se răspândi masiv în lume înlocuind varianta delta. Care este transmisibilitatea acestui virus (i.e., este R0 mai mare, fiind continuată seria de creşteri cu fiecare nouă variantă)?
• în ce măsură infecţia cu omicron are patogenicitate mai mare (i.e., letalitate şi sechele mai mari). Se ştie deja că unii pacienţi pot rămâne în continuare asimptomatici.

Ce ştim?

• că trebuie să ne protejăm. Purtaţi masca ori de câte ori sunteţi în spaţii închise împreună cu alte persoane. 
• nu ieşiţi din casă dacă aveţi febră. Nu vă lăsaţi colegii/angajaţii/elevii/studenţii să vină la şcoală dacă au febră.

„Din păcate, n-am ieşit din pădure, şi probabil că o să continuăm să o luăm de la capăt până când vom învăţa că trebuie să facem şi ce trebuie să facem nu numai ce avem chef”, mai susţine doctorul Cristian Apetrei.

De asemenea, acesta a postat şi o imagine în care este prezentat modul în care  s-au răspândit iniţial variantele virale în Republica Sud-Africană.