În 11 ianuarie 1865, printr-o ordonanţă a domnitorului Alexandru Ioan Cuza, mitropolitul Nifon al Ungrovlahiei devenea „primat al României”. Actul domnesc urma adoptării Decretului organic din 3 decembrie 1864 pentru înfiinţarea unei autorităţi sinodale centrale, al cărui prim articol declara independenţa Bisericii Ortodoxe Româneşti. Biserica românească devenea astfel autocefală, fiind scoasă de sub autoritatea Patriarhiei greceşti din Constantinopol. O autoritate retrogradă şi exploatatoare, ostilă domnitorului care realizase, la sfârşitul anului 1863, secularizarea averilor mănăstireşti, readucând în patrimoniul ţării proprietăţi care însumau un sfert din suprafaţa acesteia. O autoritate care, mai mult decât atât, reprezenta unul dintre factorii majori de influenţă ai Rusiei ţariste. Supusă unor factori ostili consolidării României moderne, biserica românească era percepută în această perioadă ca fiind o instituţie retrogradă, spoliatoare şi coruptă, implicată în malversaţii financiare şi activităţi ilicite, reprezentând una dintre cele mai serioase piedici în calea modernizării şi democratizării societăţii româneşti.

Cele mai multe dintre iniţiativele modernizatoare ale lui Cuza au fost primite de biserică cu neîncredere şi cu ostilitate. Cu câteva notabile excepţii, cea mai semnificativă fiind aceea a episcopului Melchisedec Ştefănescu al Dunării de Jos, oamenii bisericii erau susţinători ai unui vechi regim care se opunea cu înverşunare reformelor lui Cuza. Evident, domnitorul a fost acuzat pentru intervenţia sa, de pe poziţii autoritare, în problemele bisericeşti. De altfel, biserica ortodoxă preferă şi astăzi să considere că autocefalia s-a realizat abia în 1885, atunci când a fost obţinută recunoaşterea din partea Patriarhiei ecumenice.

Putea însă Cuza să acţioneze altfel decât a făcut-o?

Cu doar un an înainte, în ianuarie 1864, Cuza avusese o cu totul altă atitudine faţă de reprezentanţii clerului, încredinţând unei comisii bisericeşti misiunea de a se pronunţa asupra renunţării la anacronicul calendar iulian şi a trecerii la calendarul gregorian, care fusese adoptat de mult timp de întreaga Europă civilizată. Această comisie bisericească se pronunţase însă, cu îndărătnicie, împotriva adoptării noului calendar. Era o nouă dovadă asupra obtuzităţii şi încăpăţânării unui cler pentru care dogmele greşit interpretate erau mai importante decât realităţile ştiinţifice şi evidenţele astronomice. Astfel, România a continuat să rămână, din punctul de vedere al calendarului civil, un stat medieval până la 1 aprilie 1919, când, ca urmare a realizării Marii Uniri, autorităţile au fost obligate să extindă în sfârşit calendarul gregorian pe întregul teritoriu al României Mari.  Era astfel înlăturată o situaţie penibilă şi anacronică prin care un ardelean, un bănăţean sau un bucovinean care trecea graniţa României Vechi era obligat să îşi dea calendarul înapoi cu două săptămâni.

După această dovadă a incapacităţii de adaptare a reprezentanţilor clerului la nevoile unei societăţi în curs de modernizare, Cuza a luat, probabil, singura decizie rezonabilă pentru a putea face progrese în problema autocefaliei: renunţarea la consultarea autorităţilor bisericeşti şi rezolvarea acestei chestiuni de către autorităţile civile.    

Biserica Ortodoxă Română preferă, astăzi, să considere că autocefalia sa datează doar din anul 1885, când, după câteva decenii de negociere, aceasta a fost în sfârşit recunoscută de către Patriarhia ecumenică. O atitudine care poate fi interpretată şi ca o prelungire, peste secole, a unei vechi antipatii faţă de înfăptuirile lui Cuza. Pe de altă parte, fără îndoială, dintr-o perspectivă strict ecleziastică, momentul 1885 îşi are, şi el, importanţa lui, marcând momentul unei recunoaşteri de multă vreme aşteptate.  

Din punctul de vedere al istoriei generale sunt importante însă faptele. Din această perspectivă, autocefalia a devenit efectivă în 1865, când orice legături de subordonare faţă de Patriarhia ecumenică au fost rupte, influenţa rusească a fost serios limitată, iar biserica a început să funcţioneze potrivit statutului său, adoptat de Adunarea reprezentativă în 1864 şi promulgat de Cuza în 1865. La fel cum Unirea Principatelor este unanim considerată ca fiind realizată la 24 ianuarie 1859, şi nu la data recunoaşterii sale de către puterile garante, cum independenţa României este aniversată de la 9/10 mai 1877, înaintea oricărei recunoaşteri din partea puterilor străine, sau cum unirea Transilvaniei este aniversată la 1 decembrie 1918, şi nu la 4 iunie 1920 (Tratatul de la Trianon), autocefalia trebuie considerată realizată odată cu desemnarea mitropolitului Nifon în calitatea de conducător al unei biserici româneşti unificate care, potrivit legilor statului român, nu mai era subordonată nimănui. Celelalte biserici ortodoxe din ţările vecine consideră, de altfel, ca dată a obţinerii autocefaliei momentul efectiv al declarării acesteia, şi nu târziile recunoaşteri venite din partea unei Patriarhii ecumenice care a acceptat cu destulă greutate noile schimbări. Recunoaşterea patriarhiei a fost, fireşte, una binevenită, însă, din punctul de vedere al istoricului, ea nu face decât să aducă confirmarea unui fapt împlinit.

Luptând împotriva unui întreg sistem, Alexandru Ioan Cuza, împreună cu cei care au crezut în modernizarea societăţii româneşti în perioada domniei sale, a avut o rol extrem de important în extragerea bisericii româneşti din evul mediu întârziat în care se complăcea şi în împingerea sa, pe alocuri chiar cu forţa, către lumea modernă. El a readus în patrimoniul ţării avuţii imense care se scurgeau în afara acesteia şi a înlăturat dependenţa bisericii faţă de instituţii străine. A luat de pe umerii oamenilor bisericii grija administrării unor domenii necuvenit de întinse şi a evidenţei stării civile. A introdus, în schimb, principiul participării statului la salarizarea personalului bisericesc. Astfel, biserica românească a fost îndrumată către adevărata sa menire: cea spirituală.